Jest placówką podległą Ministrowi Rolnictwa i Rozwoju Wsi. W roku 2005 IUNG uzyskał status państwowego instytutu badawczego. Kierunki badań to – gleboznawstwo, agrometeorologia, nawożenie i gospodarka nawozowa, uprawa roli, uprawa zbóż i roślin pastewnych, produkcja biomasy na cele energetyczne, hodowla i uprawa chmielu oraz tytoniu, wybrane zagadnienia z fitochemii i mikrobiologii rolniczej, ocena różnych systemów gospodarowania, regulacja zachwaszczenia w uprawach rolniczych, organizacja i ekonomika produkcji roślinnej, ograniczanie emisji gazów cieplarnianych, biogospodarka. Prace badawcze są realizowane w 11 zakładach naukowych oraz 10 Rolniczych Zakładach Doświadczalnych położonych w różnych regionach Polski. RZD prowadzą produkcję rolniczą w zróżnicowanych warunkach klimatyczno-glebowych i organizacyjno-ekonomicznych. Są one jednocześnie centrami wdrażającymi w praktyce nowoczesne rozwiązania organizacyjne i  technologiczne oferowane przez naukę. Działalność IUNG jest wyraźnie ukierunkowana na problemy rozwoju zrównoważonego produkcji rolniczej i kształtowania środowiska rolniczego oraz wspieranie decyzji władz administracyjnych i samorządowych. Poprzez swoją działalność Instytut przyczynia się do zwiększenia innowacyjności i konkurencyjności polskiego rolnictwa.  Współpracuje z ośrodkami doradztwa rolniczego, uczelniami i szkołami rolniczymi.